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《民法典》第188条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。”第189条规定：“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间自最后一期履行期限届满之日起计算。”

《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》（法释〔2008〕11号）第5条规定：“当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。”

分期支付工程款的前提是发包人与承包人已经达成了结算协议。结算协议达成后，工程款实际上已经成为一种有履行期限的债权。对于一次性支付的情形，当事人对工程款的支付期限有约定的，自约定的付款期限届满之次日起计算三年诉讼时效；对于分期情形，因分期支付的工程款属于同一债务，因此，最后一期履行期限届满之次日为诉讼时效起算时间，计算三年诉讼时效。